لدى مركز دراسات التنمية مكتبان، المكتب الرئيسي في الضفة الغربية، ومكتب في قطاع غزة. ويتكون المركز من أربع وحدات، هي:
وحدة البحث
تركز هذه الوحدة على إعداد البحوث النظرية والتطبيقية. حيث يوفر برنامج البحوث التطبيقية المعلومات والبيانات اللازمة للتحليلات التي ترفد عملية صنع السياسات بالمعلومات والقضايا التنموية المطلوبة.
وحدة المسوح (الكمية والنوعية)
تأسست عام 2007 وقامت بإعداد أكثر من 50 دراسات مسحية، وأجرت ما يزيد على 100,000 مقابلة مع المواطنين، فضلا عن أكثر من 1,000 مجموعة مركزة، وحالات دراسية، ومقابلات معمقة.
وحدة التنمية المجتمعية
أنشئت هذه الوحدة في عام 1999، لتعزيز العلاقة بين البحث والتطبيق العملي، من خلال عمل مجتمعي مؤثر وفعّال. وتهتم هذه الوحدة بالمشاريع التنموية المنفذة في المجتمعات المحلية، ضمن فلسفة تقوم على دمج أكبر عدد ممكن من الأفراد والشرائح في مشاريع التنمية المحلية، وبالتركيز على الفئات المجتمعية المهمشة في الضفة الغربية وقطاع غزة، بما يشمل النساء، والأشخاص ذوي الإعاقة، والفقراء، والأطفال والشباب.