يشرف على جامعة بيرزيت مجلس أمناء مستقل مؤلف من عدد من المثقفين والمتخصصين في المجتمع الفلسطيني والشتات. ومن غايات المجلس دعم وصيانة استقلالية الجامعة، والعمل على رفع شأنها ونموها وازدهارها، لتتمكن من خدمة المجتمع الإنساني والعربي بشكل عام، والفلسطيني بشكل خاص، في المجالات الثقافية والتربوية والتعليمية. وليست للمجلس أية غايات سياسية أو دينية أو طائفية.
يتألف مجلس الأمناء من أعضاء لا يقل عددهم عن 15 ولا يزيد على 30 شخصًا من المواطنين الذين تتوافر فيهم الخبرة والكفاءة، ولديهم القدرة على القيام بالمسؤوليات المنوطة بهم في سبيل تحقيق أهداف الجامعة. ويُعتبر رئيس الجامعة عضوًا في مجلس الأمناء بحكم منصبه. وتنبثق عن المجلس هيئة إدارية مكونة من سبعة إلى تسعة أفراد لمتابعة العمل اليومي، تضم رئيس المجلس ونائب الرئيس والأمين العام وأمين الصندوق.
يعقد المجلس اجتماعين عاديين كل سنة، أما الهيئة الإدارية فتجتمع أربع مرات في السنة على الأقل.
