بدأ العمل في تطوير فكرة برنامج الدكتوراه في العلوم الاجتماعية في بداية العام الأكاديمي 2011/2012، واستمر العمل خلال العام اللاحق، حيث قامت لجنة موسعة برئاسة نائب الرئيس للشؤون الأكاديمية وعضوية عميد الدراسات العليا وأعضاء هيئة أكاديمية من تخصصات مختلفة في الجامعة ببلورة المشروع، ووضع هيكلية ومساقات للبرنامج، وجلب التمويل له، وبناء علاقات مع أكاديميين في الخارج لتدعيمه أكاديميًّا.
وخلال العام الأكاديمي 2012/2013، وافق المجلس الأكاديمي على وصف البرنامج ومساقاته، وحصل البرنامج على الموافقة النهائية من مجلس الجامعة تمهيدًا لتقديم ملف البرنامج إلى هيئة الاعتماد والجودة في وزارة التربية والتعليم العالي لاعتماده رسميًّا. وفي حزيران 2013، وبعد عملية تقييم داخلي وخارجي، حصلت الجامعة على موافقة الهيئة، وبذلك، اعتمد البرنامج رسميًّا.
وخلال العام الأكاديمي 2013/2014، قامت لجنة تطوير البرنامج التي تم تشكيلها من قبل نائب الرئيس للشؤون الأكاديمية، بعدد من الزيارات للجامعات العالمية، حيث زارت برنامج دكتوراه مشابهًا ومتداخل الحقول في العلوم الاجتماعية في جامعة ماكيريري في أوغندا، للاطلاع على البرنامج المميز الذي يستقطب طلبة من عدة دول أفريقية. وقامت أيضًا بزيارة إلى جامعة جواهر لال نهرو في الهند، وعقدت اجتماعات مع مسؤولين عن برامج في الدراسات الفلسطينية والعربية في جامعات أمريكية، لبحث سبل التعاون في التدريس والإشراف على أطروحات الدكتوراه وترتيب زمالات بحثية وفرص أكاديمية أخرى لطلبة وخريجي البرنامج.
وشمل العمل التحضيري أيضًا اقتناء كتب حديثة وكلاسيكية في مجالات البرنامج المعرفية، حيث عمل طاقم المكتبة العامة على تصنيف الكتب وإعدادها للإعارة مع بداية التدريس في البرنامج. وقد تم الاشتراك في عدد من قواعد البيانات الآلية الإضافية، حيث إن الدراسة على مستوى الدكتوراه تتطلب الاطلاع المستمر على الإصدارات الحديثة ومواكبة إنتاج المعرفة في مجالات البرنامج.
وقامت لجنة تطوير البرنامج بتشكيل مجموعات عمل من أكثر من 30 عضو هيئة أكاديمية من جامعة بيرزيت وبعض الأكاديميين في الخارج لتطوير مساقات البرنامج المختلفة، وتوج هذا العمل في شهر أيار 2014 بعقد ورشة عمل مركزية تمت خلالها مناقشة الخطط التفصيلية لجميع المساقات، تمهيدًا لإطلاق البرنامج. وتشرف على البرنامج الآن لجنة برنامج مكونة من أعضاء من دوائر وبرامج الجامعة المختلفة، علمًا بأن معظم الأعضاء كان لهم دور في الأعوام الماضية في الإعداد للبرنامج والتحضير للمساقات، وفي لجنة القبول.
وفي العام الأكاديمي 2014/2015، وبعد تأمين المبالغ اللازمة للمنح الدراسية واستكمال الترتيبات الإدارية والأكاديمية الأساسية، قررت إدارة الجامعة فتح باب القبول للدفعة الأولى من الطلبة في الفصل الثاني، وتم قبول 8 طلبة ، التحق 7 منهم بالفعل.
وحصل طلبة الدفعة الأولى على إعفاء من الرسوم التعليمية، بالإضافة إلى منح شهرية مقابل تفرغهم التام للدراسة، وهذا هو النظام المعمول به في الجامعات البحثية العالمية. ويوفر البرنامج مساحة عمل للطلبة في مبنى الدراسات العليا، بالإضافة إلى تزويدهم بأجهزة حاسوب ومنحهم امتيازات خاصة فيما يتعلق بالإستعارة من مكتبة الجامعة واستخدام بعض المرافق والخدمات الجامعية.
وفي العام 2016-2017، تم قبول 8 طلبة، التحق 7 منهم بالفعل. ويتلقى خمسة من طلبة الدفعة الثانية منح دراسية وإعفاء من الرسوم الدراسية، ويطلب منهم أن يكونوا متفرغين للدراسة.
