يستضيف معهد مواطن مبادرات ونشاطات دائمة ومؤقتة تتلاءم مع رسالته وأهدافه. ومن بين هذه المبادرات:
تعد المبادرة شراكة عالمية متعددة المناحي ومتداخلة الحقول، تهدف إلى دراسة وتعزيز الكرامة الإنسانية من خلال البحث، والتواصل مع المجتمع، وتشجيع المبادرات، وتوفير حيز للنقاش العام، وتشجيع العمل الشبابي.
مبادرة طلابية في جامعة بيرزيت تحتضنها مبادرة وندسور بيرزيت. يسعى "معمل الأفكار" إلى الإجابة على السؤال المركزي: كيف يمكن للشباب أن يأخذوا قضية صوغ مستقبلهم بأيديهم. يجتمع المشاركون في المعمل للتفاكر، والنقاش، وإنتاج تصورات بديلة لتجاوز حالة الإقصاء والتهميش التي يواجهون في حياتهم اليومية، ما ينتج حالة من الإحباط واللامبالاة.