- الماجستير في التربية/ كلية التربية
- الماجستير في التاريخ العربي الإسلامي/ كلية الآداب
- الماجستير في الدراسات العربية المعاصرة/ كلية الآداب
- الماجستير في الجغرافيا/ كلية الآداب
- الماجستير في علم الاجتماع/ كلية الآداب
- الماجستير في علم النفس المجتمعي/ كلية الآداب
- الماجستير في اللغة العربية وآدابها/ كلية الآداب
- الماجستير في الكيمياء التطبيقية/ كلية العلوم
- الماجستير في الرياضيات/ كلية العلوم
- الماجستير في الفيزياء/ كلية العلوم
- الماجستير في الأحياء البيئية/ كلية العلوم
- الماجستير في الدراسات الإسرائيلية/ كلية الدراسات العليا
- الماجستير في الإحصاء التطبيقي/ كلية الدراسات العليا
- الإحصاء التطبيقي وعلم البيانات / كلية الدراسات العليا
- الماجستير في الديمقراطية وحقوق الإنسان/ معهد مواطن وكلية الدراسات العليا
- الماجستير في دراسات النوع الاجتماعي والتنمية/ معهد دراسات المرأة وكلية الدراسات العليا
- الماجستير في الدراسات الدولية/ معهد إبراهيم أبو لغد للدراسات الدولية و كلية الدراسات العليا
- الماجستير في الصحة العامة والمجتمعية/ معهد الصحة العامة والمجتمعية وكلية الدراسات العليا
- الماجستير في هندسة المياه والبيئة/ معهد الدراسات البيئية والمائية و كلية الدراسات العليا
- الماجستير في علوم المياه والبيئة/ معهد الدراسات البيئية والمائية وكلية الدراسات العليا
- الماجستير في إدارة الأعمال/ كلية التجارة والاقتصاد
- الماجستير في الاقتصاد/ كلية التجارة والاقتصاد
- الماجستير في القانون/ كلية الحقوق والإدارة العامة
- الماجستير في القانون والاقتصاد/ كلية الحقوق والإدارة العامة
- الماجستير في العلوم الطبية والمخبرية/ كلية الصيدلة والتمريض والمهن الصحية
- الماجستير في تكنولوجيا الصناعة الدوائية/ كلية الصيدلة والتمريض والمهن الصحية
- الماجستير في الحوسبة/ كلية الهندسة والتكنولوجيا
- الماجستير في هندسة التخطيط العمراني وعمارة المشهد/ كلية الهندسة والتكنولوجيا
- الماجستير في هندسة الإستدامة في الإنتاج/ كلية الهندسة والتكنولوجيا
- الماجستير في هندسة البرمجيات/ كلية الهندسة والتكنولوجيا
- الماجستير في الهندسة الكهربائية/ كلية الهندسة والتكنولوجيا (مشترك مع جامعة بولتكنك فلسطين)
كما تقدم جامعة بيرزيت برنامج الدبلوم العالي في الرعاية الصحية الأولية/ معهد الصحة العامة والمجتمعية وكلية الدراسات العليا
