يأمل المعهد أن يسهم، من خلال مكوناته وتوجهاته، في سد بعض الثغرات في حياة المجتمع الفلسطيني، وبشكل خاص تلك الناجمة عن تراكم القمع وغياب الحرية لفترات طويلة. ويأمل كذلك أن يسهم في عملية البناء الوطني التحرري.
يهدف معهد مواطن إلى التعريف بالنظام الديمقراطي وبحقوق الإنسان وبعناصرهما ومكوناتهما، وركائزهما، ومقوماتهما، ويسعى إلى الإسهام في تعزيز المعرفة المتعلقة بالديمقراطية وبحقوق الإنسان، والإسهام في الحوار العالمي حولهما، بما في ذلك الحوار النقدي، وحول سبل تطويرهما لكي تكونا أدوات لحماية وتعزيز الحرية والمساواة والعدالة، وتمكين المجتمع البشري من الإبداع، ومن العيش بسلام.
ويولي المعهد اهتماماً كبيراً بشحذ الطاقات الهادفة إلى تطوير مقومات النظام السياسي لكي يكون رافعة لتحقيق إرادة الشعوب، وبشكل خاص الشعب الفلسطيني.
ويسعى المعهد إلى تحقيق أهدافه عن طريق التعليم، وإجراء الدراسات والأبحاث، وعقد الندوات وورشات العمل، وإصدار المنشورات التعليمية والكتب والكراسات، وعقد المؤتمرات والدورات التدريبية، والتواصل والتشبيك مع المؤسسات المجتمعية الوطنية والعربية والعالمية، خاصة الأكاديمية منها، وأية سبل أخرى لنشر المعرفة، والتثقيف، وتقديم المساندة العلمية للتحولات الاجتماعية والسياسية والاقتصادية التي من شأنها رفع مكانة الإنسان وصون كرامته، وحماية حريته، وتحقيق المساواة، وإحقاق الحق، والوصول إلى العدالة.
يتشكل معهد مواطن من عدة مكونات هي التدريس، والأبحاث، والتعليم المستمر والتواصل المجتمعي، ومركز المعلومات حول الديمقراطية وحقوق الإنسان، الذي يحوي على برامج لإنتاج المعلومات مثل النشر، وإنتاج المواد السمعية البصرية، وموقع المعهد على الشبكة العنكبوتية، وقواعد المعلومات، كما يحوي على برنامج لحفظ وتعميم المعلومات مثل المكتبة، ومركز المصادر، كما أن المعهد يستضيف مبادرة وندسور بيرزيت للكرامة، ومعمل الأفكار.
