تتولى إدارة جامعة بيرزيت مجموعة من المجالس التي تتكاتف جميعًا لتظل جامعة بيرزيت متفوقة محليًّا، ومنافسة على المستويين العربي والدولي. ويجري تشكيل هذه المجالس وفق أنظمة وقوانين معمول بها منذ إنشاء جامعة بيرزيت، لتؤسس نظام إدارة رشيدًا، تتوالى الشخصيات التي تديره، وتكمل كل مجموعة البناء على إنجازات من سبقها، لتظل المؤسسة رائدة على المستويات الأكاديمية والإدارية والمالية. وتتكون إدارة الجامعة من مجلس الجامعة، والمجلس الأكاديمي.
ويتولّى إدارة كل كلية من كليات الجامعة عميد الكلية ويعاونه في ذلك مجلس الكلية. كما يتولّى إدارة كل دائرة أكاديمية رئيس الدائرة ويعاونه في ذلك مجلس الدائرة، ويتولّى إدارة مراكز ومعاهد الجامعة مدير المعهد ويعاونه في ذلك مجلس المعهد، ويتولّى إدارة كل مركز مدير المركز وتعاونه في ذلك لجنة المركز.
